Kajian ini bertujuan untuk menilai tahap penguasaan pelajar dalam kemahiran berfikir berdasarkan kriteria yang telah ditetapkan dan mengenal pasti kelemahan yang dihadapi oleh guru ketika melaksanakan KBKK. Kemahiran yang difokuskan dalam kajian ini ialah kemahiran mengumpul dan mengelas daripada domain Kemahiran Berfikir Secara Kritis dan Kemahiran menghubungkait daripada domain Kemahiran Berfikir Secara Kreatif. Kajian ini dijalankan di SMK Puchong Perdana yang melibatkan seramai 140 orang pelajar yang dipilih berdasarkan persampelan rawak berlapis dan juga sembilan orang guru Pendidikan Islam. Data yang diperolehi melalui dua instrumen iaitu soalan ujian KBKK dan protokol temu bual. Soalan-soalan ujian KBKK dianalisis dengan menggunakan ujian tidak berparameter iaitu, ujian Mann-Whitney, ujian Kruskal-Wallis dan Spearman Rho. Manakala data temu bual dianalisis secara manual dengan mengeluarkan tema-tema penting. Hasil analisis ujian Mann-Whitney yang dilakukan menunjukkan terdapat perbezaan yang signifikan bagi kemahiran mengumpul dan mengelas dan kemahiran menghubungkait mengikut aliran. Analisis ujian Kruskal-Wallis menunjukkan terdapat perbezaan yang signifikan bagi kemahiran mengumpul dan mengelas dan kemahiran menghubungkait mengikut pencapaian PMR. Hasil ujian Spearman Rho juga mendapati terdapat perkaitan yang kuat antara kemahiran mengumpul dan mengelas dengan kemahiran menghubungkait. Hasil kajian juga mendapati terdapat dua belas masalah yang dikenalpasti dalam pelaksanaan KBKK di kalangan pelajar-pelajar Pendidikan Islam.